应用常规技术生产疫苗存在着抗原来源困难、有副作用和不够安全等问题。例如，第一代的乙型肝炎疫苗是从乙型肝炎病毒阳性带毒者血清中分离纯化的乙型肝炎表面抗原；但血源疫苗来源有限，价格昂贵，且有潜在的不安全性，还可能传播艾滋病。因此，致力于基因工程生产疫苗的科学家遍布世界各国。１９７９年英国爱丁堡大学麦莱实验室首先使乙型肝炎病毒表面抗原基因在大肠杆菌中表达，但产量很低。１９８３年通过国际合作终于使酵母菌生产乙型肝炎病毒表面抗原的实验研究取得成功，１９８６年美国食品与药物管理局批准美国默克公司生产这种基因工程乙型肝炎疫苗。由于疫苗成分中只有乙型肝炎病毒表面抗原，副作用极小，安全性很好，被称为第二代乙型肝炎疫苗，是迄今基因工程最成功的例子之一。此外，丙型肝炎疫苗以及狂犬病、麻疹、霍乱、破伤风、百日咳、小儿麻痹症、白喉、麻风等基因工程疫苗都在研究之中。中国已于１９９２年将基因工程乙型肝炎疫苗确定为全国新生儿普种的疫苗产品，还组建了含接近完整的甲型肝炎病毒互补ＤＮＡ的质粒。

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