由于土地储备机制是一项全新的机制，建立土地储备机制所引起的利益和权力的调整是深层次的，在工作开展过程中已碰到诸多难题，暴露出一些问题，归纳起来主要有以下几个方面：

一、法治进程不能滞后

1、依法治税是保护税务局长，依法治地是保护市长。

我国每年国有土地收益流失近百亿元。

土地收益怎么流失的呢？沈阳市近几年批租土地3300万平方米，其中1800万平方米是无偿划拨，1500万平方米是有偿转让，收到的转让金总共才7000万元。

据报道，深圳市原副市长王炬被广东省检察院执行强制措施，也包括了"低价出让土地"的原因。

过大的自由裁量，必然产生过大的道德风险。

中国依法行政的进程正在加快。1986年到1996年十年间，中国继七十年代末至八十年代前期所进行的重大变革以来，在社会、经济、文化等各个方面取得了举世瞩目的发展，发生了将对下一世纪产生深远影响的两个转变：即经济体制由计划经济向市场经济的转变；行政管理方式由人治向法治的转变。对于后一个转变，有专家概括为下述几个方面：

（一）行政机关从主要依政策办事到主要依法办事

（二）官民关系从只可"官告民"到亦可"民告官"

（三）行政侵权责任从"落实政策"到国家赔偿

（四）人事管理从实行"干部制度"到推行公务员制度

（五）政府和政府工作人员从只监督他人到自己也接受监督

（六）对行政权的控制从只注重实体制约到同时注重程序制约（姜明安，1997）

无庸讳言，由于土地市场既是一种资源配置过程、又是一种宏观调控行为，同时又是政府的财政收入工具，因此是一项高度复杂的系统。立法和执法的滞后势所必然。

但是联想到1994年税收体制改革前各地乱批减免税，收人情税的情况，那种过大的自由裁量下倒了不少的干部，可见法治才是保护干部的。依法治税是保护税务局长，依法治地是保护市长。

2、立法滞后于国有土地资本运营

新《土地管理法》实施后，用地审批进行了重大改革。改项目审批为批次审批，也就是说，一个市、县只要在规划区内，在年度计划内，市、县政府可以一次性报件，一次性审批。政府一次性批一年的用地，也就是垄断了一级市场，如果市、县政府再把建成区城市改造的土地进行垄断收购储备起来，就可完全做到垄断经营。

在杭州市出台《土地储备实施办法》，规定对市区土地实施统一收购时，有人质疑：在市场经济条件下，政府凭什么去限制原土地使用者转让土地？土地转让后政府照样可以收取土地出让金，为什么要限制企业自行盘活土地？有什么依据？等等。实践在推动法治的进程。建立土地储备的法律体系，是土地储备机制健康发展的基础。

3、土地租税征收管理的法定性急待提高

江泽民主席在人口资源环境座谈会上说，我们要实行世界上最严格的土地使用制度。实行最严格的用地制度就意味着，在土地租税的征管方面应当达到类似于税收征管的水平。我国税收征收管理体制从八十年代中期以来就开始进行改革，到1994年与税收体制改革同步推出了以纳税人主动申报，集中征收、重点稽查的征管体制改革。目前在立法上，拥有包括实体法和程序法在内的完整的税法体系，在征管体制上，拥有从征收到管理和检查相互监督的机制，相比之下，土地租税征收管理的法治化程度只能说还是刚刚起步。

二．要让居民分享土地产生的利益

目前在我国大多数城市中，政府往往将盘活原划拨给企业的存量土地的主动权交给企业，土地盘活所得大部分归企业或企业主管部门支配。政府只负责收取土地出让时的级差地租，是走企业自主型的土地入市交易模式。建立土地储备机制后，实现了由政府来垄断土地一级市场，由市场来确定土地开发单位，由市场来确定土地价格的举措。但是如何界定土地收益的构成，合理分配政府和原土地使用者之间的利益，是土地储备机制顺利开展必须解决的问题。

薄熙来举过这样的例子：大连市区有200多万人，而在过去的七八年间，其中100万人住进了新房，有45万人自己没有花钱，完全靠政府运作乔迁新居，住房面积还平均增加了40％。这45万人的房子，投资成本就是120多亿元，如果以90年代初期我市的财力来比量，是根本不可能的，只是因为近年来大连城市整体增值了，才有可能组织开发公司来盖房，政府把土地效益让利给百姓去盖房，开发公司也少赚点，好事就做成了。

经营城市要最终让城市里的居民受益，围绕土地的利益关系就要有政府来理顺。比如，采用招标和拍卖方式出让土地，土地出让价格大幅上涨，房产开发商对此有意见，而且会相应提高商品房的价格，这就需要象大连那样去协调各方，把好事做成。

三、资金与土地，两手都要硬

资金和土地是土地储备机制的两大基本要素。土地储备过程既是土地流转的过程，实际上是资金循环的过程。因为在实际运作中，没有大额资金加以支撑，是难以有效运作的。

一般城市的做法是实行土地基金制度。政府拨付一定量的起步资金，大量的资金先靠银行借贷，收益后逐步加大自有资金，最后，形成全部政府基金。因为土地储备是垄断经营、拍卖出让，有极高的收益，从已实行土地储备制度的城市看，专业银行有很高的积极性。

从杭州市两年多来土地储备的实践看，土地储备的运作资金主要是通过银行贷款解决，政府只在初期注入4000万元资金作为运作资本金。但是这种单一的资金来源渠道，虽能满足当前土地储备的需要，但尚未形成有效的资金筹措机制，而且存在较大的风险。特别是统一收购政策落实后，客观上要求政府对需盘活的土地实施敞开收购，如果单单依靠银行贷款，不仅难于满足实施土地敞开收购对资金的需求，而且可能因随着宏观经济形势的好转，银行利息增加而使收购土地的运作成本大幅度增加，甚至出现土地出让收益低于土地储备成本，入不敷出。目前，杭州市土地储备贷款已近5亿元，从财务状况分析来看，也初步反映出资金周转有趋缓的迹象。因此如何完善资金配套政策，建立合理的资金筹措和运作机制，也是开展土地储备亟需解决的问题。

由于资金不足等原因，使土地储备量较小，储备时间比较短，有些城市的储备机构甚至有意控制"吃进"的土地数量，量小、期间短，土地储备制度的优势就难以充分发挥。

土地资产经营的最初动力是财政压力，假如一项改革的结果不能有效地缓解这种压力，后续工作就会很困难。

四、政府相关部门的配合

实施土地储备机制是一个综合性的系统工程，在整个运作过程中，必须得到规划、计划、建设、财政、土地等许多政府职能部门的支持和配合，部门之间的配合直接关系到土地的运作成本。

因此对政府部门来说，如果不转变观念，仍按照以前不考虑成本的行政审批模式来运作，就会造成因政府自身原因而使土地储备成本增加。在我国大部分城市规划与土地部门分设，计划、财政等部门更不在一个系统，一旦部门之间不能很好衔接，就会影响土地推出和资金的回笼。可以假设政府储备土地后，一旦规划条件不能及时明确，土地就无法推出，土地储备时间延长，可能导致政府的损失，甚至还可能出现由于储备时间过长而土地储备成本高于土地出让的实际收益。同样，对于资金运作的来讲，也离不开财政的支持。减少和优化土地储备的运作环节，就能降低资金运作成本。因此政府部门之间如何形成一个相互支持、协同运作的工作机制也是一个十分重要的问题。